Первым университетом на землях нынешней России был основанный в 1544 году Кёнигсбергский университет «Альбертина» в нынешнем Калининграде.
Академия «Альбертина» была устроена по образцу других немецких университетов и состояла из четырёх факультетов: трех «высших» — теологического (богословского), юридического и медицинского, и одного «низшего» — философского. Естественнонаучные дисциплины и математика преподавались на философском факультете.
Изначально университет был ориентирован его основателями на распространение немецкой культуры и лютеранства на колонизованных прибалтийских землях, университет охотно принимал в состав профессоров уроженцев Польши и Литвы. Эта политика не противоречила немецким стратегическим целям: через польских и литовских преподавателей, а затем и выпускников университета — учителей, пасторов, чиновников, знавших польский, литовский и прусский языки, Альбрехт намеревался внедрять новое вероучение в среде не немецкого населения герцогства и пропагандировать лютеранство на землях соседей.
17 августа 1944 года университет отпраздновал своё 400-летие. Через две недели, в конце августа, центр Кёнигсберга подвергся массированным бомбардировкам британскими военно-воздушными силами, в результате чего более 80 % построек университета было уничтожено.
28 января 1945 года было решено эвакуировать университет в Грейфевальд (недалеко от Фленсбурга), а затем в Гёттинген. На этом его история завершилась.