Для организации мультисайтинга в Drupal 7 можно использовать специальный файл sites.php, содержащий массив перенаправлений. Этот массив задаёт соответствия между запрашиваемыми доменными именами (и др. параметрами http запроса) и конечными папками, содержащими файлы каждого из сайтов.
В Drupal 6 sites.php ещё не поддерживается. А теперь и сам Drupal 6 уже не поддерживается :). В шестерке необходимо создавать каталоги для каждого из сайтов в соответствии с доменными именами. К примеру, для www.example.ru нужно создать папку /sites/example.ru/.
В случае переноса сайта на другой домен возникают проблемы с существующим содержимым сайта (адреса картинок, загруженных файлов нужно будет поменять). Но если операционка сервера позволяет работать с символьными ссылками (как в UNIX), то для переноса сайта на новый домен в мультисайтинговой конфигурации drupal 6 достаточно будет создать simlink с именем нового домена, ссылающимся на прежний каталог.
Таким образом, большую часть функционала sites.php можно заменить, используя символьные ссылки.