Кроме отсутствия гибкого управления (явно не хватает ряда hook-ов), о чем я говорил ранее, таксономия в 6-м Drupal еще и делает по два запроса на каждый node_load, а не хранится в кеше контента cache_content (это хорошо показывает devel).
При формировании, к примеру, главной ленты на lux-e.ru приходится вызывать node_load до полусотни раз. С учетом того, что на один nod_load приходится 8 запросов к базе — это выливается в 4 сотни запросов из которых сотня — привет от таксономии!
Что делать? В каждом случае ответ будет очень индивидуальным. Для вывода такого уникального объекта как лента статей, поможет кеширование всей ленты. Нужно подбирать способ кеширования, подходящий для архитектуры проекта. Решения вроде модуля boost, к сожалению убивают всю динамику блоков.
Стоит с помощью того же devel проанализировать кол-во и тяжесть запросов. Закешировать какие то объекты, части верстки, блоки. В общем, есть где развернуться программисту-оптимизатору.